De volgende stap van de vaccinatiestrategie zijn de pre-vaccinatiestalen. Deze stalen worden maximaal 1 week voor planten genomen. Dit kan zowel bij de plantenkweker als bij de teler zelf, afhankelijk van de voorkeur van de teler. Vervolgens worden deze bladstalen verzonden naar het laboratorium Scientia Terrae VZW voor een moleculaire analyse. Daar worden ze geanalyseerd om te controleren of de planten vrij zijn van PepMV. Resultaat van deze analyse wordt verwacht binnen de 3 werkdagen na aankomst in het laboratorium. Tomatenplantjes worden met veel zorg opgekweekt en zijn in de regel vrij van PepMV.
Het is aangeraden om zo snel mogelijk na planten te vaccineren voor een optimale werking. De vaccinatie zelf bestaat uit één bespuiting met 4 tot 8 L PMV®-01 /ha verdund in 150 tot 300L water met een druk van 5 tot 7 bar. Belangrijk voor een optimale werking van het product is dat de temperatuur van het product nooit stijgt boven de 15°c gedurende de applicatie. Na de toepassing wordt er een gewasbehandeling geadviseerd zodat het vaccin de plant gemakkelijk en snel kan binnendringen. 4L/ha wordt beschouwd als de standaarddosis voor een optimaal effect en voldoende snelle kolonisatie. Bij hoog risico tot besmetting en noodzaak tot versnelde kolonisatie, mag de dosis worden verhoogd tot maximaal 8 L/ha.
Het vaccin installeert zich ten slotte in de planten. Na een incubatie periode van 4 tot 6 weken, is het gewas beschermd tegen schade door PepMV voor heel het teeltseizoen. In die periode worden er post-vaccinatiestalen genomen door het team van deskundigen om de succesvolle installatie van het vaccin te bevestigen.